Un nou mètode computacional ajudarà a conèixer la progressió del càncer colorectal

Un equip d’investigadors ha dissenyat un mètode computacional per conèixer la progressió del càncer colorectal, un avenç científic que pot obrir noves perspectives al coneixement dels factors que potencien aquesta patologia i a la secció de teràpies efectives. En el nou estudi, publicat a la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), hi participa Víctor Moreno, cap del Programa de Prevenció del Càncer i de la Unitat de Biomarcadors i Susceptibilitat de l’ICO, ,i Rebeca Sanz-Pamplona, de l’ICO-IDIBELL, entre d’altres investigadors de tot l’àmbit internacional.

cancer colon

Condicions que faciliten el creixement dels tumors
El càncer de còlon té una freqüència similar en homes i dones, mentre que el de recte és més freqüent en els homes. La seva incidència a escala mundial és de prop d’1,4 milions de casos nous cada any i 700.000 morts. A l’estat espanyol, es produeixen 32.000 casos nous i 14.000 morts per any, mentre que a Catalunya, prop de 13.000 homes i 14.000 dones conviuen a l’actualitat amb un diagnòstic de càncer colorectal.

Tal com explica Víctor Moreno, cap del Programa de Prevenció del Càncer i de la Unitat de Biomarcadors i Susceptibilitat de l’ICO, “com a la majoria dels tumors, el colorectal es caracteritza per grans alteracions cromosòmiques (delecions, amplificacions) i mutacions puntuals. Aquests factors a nivell d’ADN després generen importants alteracions a nivell d’ARN i metabolisme de les cèl·lules tumorals”.

Segons el primer autor de l’article, el professor Giulio Caravagna, de la Universitat d’Edimburg, “proposem un protocol bioinformàtic per detectar regularitats que són comunes en l’origen i el desenvolupament del tumor. Aquest protocol podria ser un progrés clau per entendre una malaltia que es caracteritza per un nombre molt baix d’alteracions genòmiques comuns en diferents pacients”. Per a l’expert Bud Mishra, de la Universitat de Nova York, “el model ajuda a predir com el genoma del tumor anirà canviant en el temps”.

Tradicionalment, es considerava que el càncer s’iniciava amb una cèl·lula rebel, i s’estenia, en part, per una combinació d’interaccions genètiques autònomes: mutacions en oncogens, amb la capacitat potencial de provocar càncer, i el fracàs dels gens supressors de tumors que els controlen. No obstant això, la disponibilitat de tècniques de seqüenciació avançada ha perfilat un escenari més complex sobre la progressió del càncer. De forma específica, tot indica que la interacció entre les cèl·lules en una població tumoral és més rellevant del que es pensava fins ara, ja que els tumors són més heterogenis a nivell cel·lular del que es creïa.

PiCnIc: nova eina per conèixer la progressió del càncer
L’equip científic ha captat aquestes interaccions mitjançant un model que vol generar una imatge cel•lular de la propagació del càncer colorectal. Per això, s’ha desenvolupat un sistema de modelització (Pipeline for Cancer Inference, o PiCnIc) que fa ús de dades de seqüenciació genètica per elaborar prediccions sobre la causalitat.

PiCnIc, en particular, té en consideració la funció de les mutacions conductores (driver) que estimulen la progressió del càncer, a més de d’altres fenòmens com ara les alteracions en número de còpies (delecions o amplificacions) i la influència en cascada d’aquestes mutacions i alteracions sobre altres factors conductors.

Per constatar la viabilitat del model, l’equip científic ha comparat les prediccions amb els coneixements disponibles sobre la dinàmica del creixement del càncer colorectal. Segons els resultats, PiCnIc és una eina eficaç per reflectir els coneixements de la investigació biomèdica sobre la progressió de la malaltia.

“Aquesta nova metadologia és novedosa perquè incorpora un model probabilístic que infereix l’ordre de successos (mutacions i alteracions en número de còpies)”, detalla Víctor Moreno.

Aquest nou treball investigador publicat a la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) té el suport de la National Science Foundation, l’Institut de Salut Carlos III, el Fons Europeu de Desenvolupament, l’Associació Espanyola Contra el Càncer (AECC) i la Generalitat de Catalunya.